«Своей шифротелеграммой 20 февраля 1989 года я открыл себе путь в непредсказуемость — дорога противостояния оказалась не просто тернистой, но и опасной, сопряженной со многими неприятностями. Угрозы по отношению ко мне были очень серьезными, и я понимал, что всесильный военно-промышленный комплекс может перейти к конкретным действиям», — вспоминал спустя годы Бозтаев.
В прессе стали появляться письма казахстанцев, которые обвиняли главу области в предательстве интересов Родины, в том, что, требуя прекратить испытания, он не понимает их важность. Писали, что до Бозтаева люди в Семипалатинской области спокойно жили, мирились с существованием полигона, потому что понимали его оборонное значение для всей страны, что радиация — это демагогия и ложь, что таким образом Бозтаев хочет отвлечь внимание от того, что в области не решаются социальные вопросы. Кеширима Бозтаева вызвали в Секретариат ЦК КПСС для отчета: считалось, что обком партии и Бозтаев плохо ведут разъяснительную и воспитательную работу с населением.
Параллельно нагнеталось отношение между двумя городами: Семипалатинском и Курчатовым. Жители первого требовали закрыть полигон, второго - говорили, что он не опасен, обвиняли руководство региона в ухудшении ситуации, в неспособности руководить. Стала очевидна большая разница между двумя городами: в одном были пустые прилавки, в другом – спецснабжение, в одном был митинг против полигона, в другом – за. Было много разговоров о том, что СССР отстает от США по количеству атомных взрывов, что это отставание станет фатальным для страны. Разваливалась страна, но кому-то еще было приятно держаться за ядерную кнопку.
В апреле 1989 года в Москве Кешириму Бозтаеву удалось поговорить с Михаилом Горбачевым. Он рассказал ему все, что знал о полигоне и его влиянии на здоровье людей. Горбачев внимательно выслушал его, ни разу не перебив и сказал: «Этот вопрос рассмотрим».
21 апреля 1989 года прогремел взрыв мощностью в 50 килотонн. В тот год их было семь.
Параллельно Политбюро ЦК готовило постановление «О Семипалатинском ядерном полигоне», правда, без особого участия республики: документ завизировал Колбин, а Назарбаев отказался ставить свою подпись, потребовав включить пункт по обследованию здоровья пострадавшего населения и провести межрегиональную научно-практическую конференцию. С ним согласились.
В сентябре Бозтаеву сообщили, что в проекте определена дата окончания испытаний — 1 января 1995 года, но там не было ни слова о компенсации и помощи. 23 сентября Кеширим Бозтаев отправил еще одно письмо Горбачеву. Он писал о том, что все эти 40 лет проводились взрывы, но не было построено ни одного объекта социального назначения для населения, не было никакой компенсации, все это порождает чувство национальной обиды. Он сообщил, что знает о готовящемся постановлении, и что оно фактически позволяет продолжать испытания на полигоне.
Горбачев перенаправил письмо первому секретарю МГК Льву Зайкову, который курировал и вопросы оборонной отрасли. Встретившись, Зайков и Бозтаев начали обсуждать сроки закрытия полигона, в итоге сошлись на 1 января 1993 года. Проект приостановили, начали работать над новым.
Осенью 1989 года в Семипалатинск приехала еще одна большая комиссия – во главе с председателем военно-промышленного комплекса Игорем Белоусовым. Его повезли в село Знаменка, где в больнице было 29 детей с патологиями — слишком много для села, где живут две тысячи человек. Бозтаев подошел к женщине, на руках у которой был больной ребенок:
— Вы любите свое дитя?, - спросил он, понимая, что вопрос звучит предельно некорректно.
— Когда долгожданный ребенок оказывается неполноценным, у матери к нему особая любовь. Ведь он не виноват, что родился таким. Скорее виноваты мы.
Бозтаев вышел из больницы и услышал, как один из помощников Белоусова шептал ему о том, что «они специально все это организовали, готовясь к нашему приезду». Белоусов отвечал, что это неважно, нужно помочь людям медикаментами. «Пусть меньше пьют», - сказал другой помощник.